Prefektura e Qarkut të Kukësit është një nga 12 prefekturat në Shqipëri dhe ka në total një sipërfaqe prej 2.373 km² dhe një popullsi përafërsisht prej 115.600 banorësh.
Prefektura e Qarkut të Kukësit përbehet nga 3 bashkitë: Kukës,Tropojë dhe Has.
Territori i Prefekturës së Qarkut të Kukësit kufizohet në verilindje dhe deri në lindje me Kosovën, në jug me Qarkun e Dibrës, në jugperëndim me Qarkun e Lezhës, në perëndim me Qarkun e Shkodrës dhe në veriperëndim me Malin e Zi.